對于未辦理河道采砂許可證，擅自在長江采砂的，修改前的《條例》規定，責令停止違法行為，沒收違法所得和非法采砂機具，并處10萬元以上30萬元以下的罰款；情節嚴重的，扣押或者沒收非法采砂船舶，并對沒收的非法采砂船舶予以拍賣，拍賣款項全部上繳財政。
修改后的《條例》調整了罰款力度和幅度，明確“責令停止違法行為，沒收違法開采的砂石和違法所得以及采砂船舶和挖掘機械等作業設備、工具，并處違法開采的砂石貨值金額2倍以上20倍以下的罰款；貨值金額不足10萬元的，并處20萬元以上200萬元以下的罰款”。
對于未按照河道采砂許可證規定的要求采砂的，修改前的《條例》規定，責令停止違法行為，沒收違法所得，處5萬元以上10萬元以下的罰款，并吊銷河道采砂許可證。
修改后的《條例》規定，責令停止違法行為，沒收違法開采的砂石和違法所得，并處違法開采的砂石貨值金額1倍以上2倍以下的罰款；情節嚴重或者在禁采區、禁采期采砂的，沒收違法開采的砂石和違法所得以及采砂船舶和挖掘機械等作業設備、工具，吊銷河道采砂許可證，并處違法開采的砂石貨值金額2倍以上20倍以下的罰款，貨值金額不足10萬元的，并處20萬元以上200萬元以下的罰款。
對于采砂船舶在禁采期內未在指定地點停放或者無正當理由擅自離開指定地點的，修改前的《條例》規定，處1萬元以上3萬元以下的罰款。修改后的《條例》規定，由縣級以上地方人民政府水行政主管部門責令停靠在指定地點，處3萬元以上10萬元以下的罰款；拒不改正的，予以強行轉移至指定地點。
對于偽造、涂改或者買賣、出租、出借或者以其他方式轉讓河道采砂許可證，尚未觸犯刑律的，修改前的《條例》規定，由縣級以上地方人民政府水行政主管部門或者長江水利委員會依據職權，沒收違法所得，并處5萬元以上10萬元以下的罰款，收繳偽造、涂改或者買賣、出租、出借或者以其他方式轉讓的河道采砂許可證。
修改后的《條例》規定，偽造、變造、轉讓、出租、出借河道采砂許可證，由縣級以上地方人民政府水行政主管部門或者長江水利委員會依據職權予以吊銷或者收繳，沒收違法所得，并處5萬元以上50萬元以下的罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
此外，修改后的《條例》刪去了第十七條“從事長江采砂活動的單位和個人應當向發放河道采砂許可證的機關繳納長江河道砂石資源費”的規定。修改后的《條例》還增加了規定，禁止運輸、收購、銷售未取得河道采砂許可證的單位、個人開采的長江河道砂石。長江水利委員會應當會同沿江省、直轄市人民政府水行政主管部門及有關部門、長江航務管理局、長江海事機構等單位建立統一的長江河道采砂管理信息平臺，推進實施長江河道砂石開采、運輸、收購、銷售全過程追溯。
