太湖全湖營養鹽濃度長期在較高水平波動，南太湖每年的藍藻水華暴發期有所提前，持續時間拉長，面積和程度加大，而且呈現常態化趨勢。特別是湖州地區近岸水域及環湖河流，由于受風向、太湖環流、太湖水位抬高造成頂托倒灌等影響，藍藻水華暴發的嚴重性和飲用水安全風險進一步加大。河網水體水質水情也不容樂觀。

    浙江省政府提出的目標是，到2012年，太湖流域水環境質量總體有較大改善，主要飲用水水源地水質有所改善，城鄉居民飲用水安全得到有效保障；化學需氧量、氨氮和總氮等允許排放量部分削減50%（2005年為基準年），入湖斷面水質保持三類；有效防治藍藻水華。

    由于應對太湖藍藻、保障飲用水安全事關重大，浙江省政府指出，市縣政府是太湖水環境綜合治理和藍藻應對應急工作的責任主體，杭州、嘉興、湖州三市政府要進一步完善應對藍藻和水污染突發事件、確保飲用水安全的應急預案，抓緊報省政府備案。同時，進一步明確發展改革、環保、水利等有關部門的職責。

    浙江省政府還表示，因工作不力造成飲用水危機的，嚴肅追究有關地區、有關部門及其負責人的行政責任，并在生態省建設考核中實行一票否決。

    據了解，2007年發生的太湖藍藻在湖州界的太湖水面藍藻污染尤其嚴重，許多都是藍藻顆粒，從湖中取出的水已經成糊狀。從2007年春天到當年年底，湖州市多次啟用備用水源。