污水處理費的收費對象仍需進一步明確，以糾正目前為數不少的重復收費現象。
按照現行《水污染防治法》第十九條的規定，污水處理費的性質應該屬于服務性收費，收費的前提是排污單位已經被污水處理設施處理范圍所覆蓋，而處理設施(包括管網)未覆蓋的，不應該征收污水處理費。但是，目前在征收污水處理費問題上，許多地方是按照1999年出臺的《關于加大污水處理的征收力度建立城市污水排放和集中處理良性運行機制的通知》來執行的，其規定“污水處理費由城市供水企業在收取水費中一并征收”。這個“一并征收”并沒有錯，但在許多地方被執行為對所有城鎮自來水用戶都要征收，而其排放的污水是否進入污水處理設施則在所不問，這一做法是值得商榷的。
此外，對環保部門而言，無論排污者是否繳納污水處理費，只要其向環境直接排污，就應該征收排污費。對繳納了污水處理費的直接向環境排污者而言，則造成了顯然的不公平:同樣繳納了污水處理費的兩個排污單位，一個單位已經向城市污水處理管網排污，不必繳納排污費；而另一家單位由于沒有納入管網，就要既承擔污水處理費，又承擔排污費。而排污者納入管網與否很大程度上取決于市政設施的建設進度，環保部門為此常受到重復收費的誤解和指責。
因此，本次修法不應該重復原先的規定，理應做出強調性規定:“排污者排放污水未經城市排水設施直接排入水體的，不繳納污水處理費，按照國家規定繳納排污費。”《吉林省城市污水處理費管理辦法》就有類似規定。
城市污水處理費收費標準低而且不統一
修訂草案規定，“城市污水集中處理設施的污水處理收費、管理以及使用的具體辦法由國務院規定。”所謂具體辦法由國務院規定，應該理解為出臺配套的收費標準。而到目前為止，國務院并未出臺過國家層面的具體辦法，而且實踐中也一直允許地方各自制訂收費標準.。
國務院辦公廳《關于推進水價改革促進節約用水保護水資源的通知》(國辦發〔2004〕36號)指出，“各地區要限期開征污水處理費。已開征污水處理費的城市，在調整供水價格時，要優先將污水處理收費標準調整到保本微利水平。暫時達不到保本微利水平的，各省、自治區、直轄市人民政府應結合本地區污水處理設施運行成本，制定城市污水處理費最低收費標準，確保污水處理設施正常運行。”目前各地對城市污水處理收費幾乎全部都是自定標準，有的還將自定標準的做法納入地方性法規。造成這一現象的原因并非國家不想規范，而是各地情況千差萬別，難以統一。而且征費標準普遍偏低的問題，在目前污水處理設施投資、運營機制正在改革的情況下，進行統一規定其實很難實現。既如此，本次修法應順應實際，不再強求一律，可以授權國務院或者國務院相關部門出臺有浮動的指導價，允許地方根據財力、運營單位處理技術等實際情況制訂不同的收費標準。
相關聯的還有納入管網的企業超標排放污染物的收費問題。對已建成城鎮污水處理廠的排放污水企業已繳納了城市污水處理費用后仍超標準排放污染物的，是否征收超標排污費，本次修法(包括配套細則修改)對此應該有個說法。
