為了管好用好水務發展專項資金，深圳市水務局采取了一系列切實可行的措施： 

　　一是完善頂層設計，構建 “1+1+1+N”制度體系。市水務局在會同市財政委聯合印發《深圳市水務發展專項資金管理辦法》（第一個“1”）的基礎上，先后將實施細則（第二個“1”）、編制標準（第三個“1”）及設計變更備案指引、竣工驗收指引、款項支付指引、績效評價管理辦法等配套制度（“N”）進行了修訂和完善，實現了專項資金管理的規范化、精細化、標準化。 

　　二是實行項目庫管理，提升年初預算到位率。市水務局通過公開招標委托第三方機構承擔項目專業技術審查工作，依次需經過申報材料符合性審查、工程現場復核、技術文件初審、專家評審、概算審核等五個環節后，方可納入項目庫管理。按照輕重緩急的原則，深圳市水務局對已納入項目庫管理的項目進行遴選，經局長辦公會議審議、社會公示后方可納入下一年度預算安排，實現專項資金項目“集體決策、公開透明、科學管理”。截至目前，2019年度水務專項資金預算細化率已達到90%以上。 

　　三是強化能力建設類項目管理，嚴把能力建設類項目立項審查關。市水務局嚴控能力建設類項目年度資金規模，每年用于水務能力建設類項目的資金嚴控在5%以下，并通過制訂能力類項目預算編制審查指引，引導申報單位加強內控管理。 

　　四是強化過程監管，加大預算執行力度。嚴格對勘察設計單位及專項資金第三方日常管理單位、質量抽檢單位、造價審計單位進行工作考核和質量管理；繼續推行勘察設計成果“打分制”、工程質量“飛檢制”以及工程結算審計“現場復核制”，實現前期工作質量、工程質量、結算審計質量“三提升”；規范項目變更審批和備案流程，強化事前變更備案管理，繼續穩固專項資金項目“零超概”；優化水務專項資金政府績效考評指標，將資金使用效率納入各區政府績效考核，推動項目按時開工、及時支付，提升預算執行率。 

　　五是推行全過程績效管理，建立三級績效評價機制。按照項目單位自評、市水務局績效評價、市財政委對重點項目再評價的總體要求，開展項目績效目標實現程度和預算執行進度“雙監控”工作，分期、分批對已完工專項資金項目進行績效評價，確保實現項目績效目標。 

　　六是加快智慧提升，完善專項資金項目管理服務平臺。完成水務專項資金管理系統升級改造，實現對專項資金項目隨時隨地全過程信息化管理，做到從“政策發布、項目申報、評審入庫、計劃下達、資金撥付、監督檢查、變更備案、項目驗收、結算審計、績效評價、檔案管理”等工作全過程留痕，各環節可追溯、可查詢，實現專項資金管理的信息化、科學化與高效化。