自從“南水北調中線工程”的設想被提出以后，伴隨著這一舉世矚目的工程實施，關于“補償”爭論的話題就從未停止過。其態度及論點：有專家學者的，有各領域研究機構的；有供水區的，有受水區的；有民間的，有官方的……大致歸類，無外乎如下聲音：該不該“補償”？怎么“補償”？由誰來“補償”？“補償”的領域？“補償”的標準？……至今，各種聲音莫衷一是，無法統一。
　　（一）
　　無可否認，以保證“調水”的水質、水量為核心目的，以及逐步提升“供水區”的公共服務水準，國家的“急需補償”、“初級補償”已隨“南水北調中線工程”的實施同時展開。如：城鎮污水處理設施、城鎮垃圾處理設施、工業點源污染防治、入河排污口整治、水環境監測能力建設、尾礦庫治理、水土保持、移民搬遷，生態補償，一般性轉移支付……如此長距離、跨流域的調水工程“補償”，在國內沒有先例。
　　“問題”稍加展開就會發現：一是補償范圍狹窄，暫以“應急”為主；二是補償標準偏低，有的領域還過于籠統；三是補償資金來源和補償方式單一；四是受水區履行補償義務的意識不強，普遍存在著免費消費心理，缺乏補償意識；五是我國目前還沒有生態補償的專門立法，現有涉及生態補償的法律規定大都分散在多部法律之中，缺乏系統性和可操作性，因而權威性和約束性自然會受到影響……
　　（二）
　　說到底，完美“補償”的最終目的，就是讓三方——“協調者”、“供水區”、“受水區”的臉上均綻露出笑容。美國加州“北水南調工程”的“供水區”：獲得了滿意的補償——來自受水區的水資源費，獲得了在供水發生矛盾時，“先滿足本地區供水，再滿足南加州供水”的優先權；“受水區”南加州：享受灌溉面積達2000多萬畝，獲益人口達2300萬。之后加州發展成為美國人口最多、灌溉面積最大、糧食產量最高的州，全州經濟實力躍居美國第一……
　　眾所周知，“南水北調中線工程”將涉及到我國水資源的重新配置，水安全（水質、水量）的高度保障，以及經濟發展、社會穩定、生態安全等諸多方面。然而，今年汛期后，清澈的漢江江水就將經“中線”流入京津地區。因此，像美國聯邦那樣，先通過法律“規范”調水的目的、原則、規模，明確供水區、受水區的權利、義務和責任，即“先立法再調水”的做法，從時間上來講已不可能。但是在“問題成堆、紛繁的論證”中，首先聚焦“南水北調中線”供水區的補償，應是可能的。作為一個永久性的跨流域調水工程，在它啟動之初，“基礎”理應夯得更加結實。因此，“相對集中、快速、明確的確立”補償就顯得迫在眉睫。
　　全面到位的補償機制，尤其是生態補償機制的完善和最終確立，無疑尚需時日。但水質和水量的高度保障，一定是南水北調中線未來“一絲都不能松動”的永恒目標。隨著供水區內工業廢水及城鎮生活污水為主的點源污染得到逐步控制以后，農業的面源污染將旋即成為對南水北調中線供水區水質構成威脅的最大主體。因此，在紛雜的補償范圍內，“水土保持治理”的地位、急切性和重要性，一下子就凸顯了出來。《丹江口庫區及上游地區水污染防治和水土保持規劃》明確指出：面源治理主要通過“水土保持”三道防線開展……以避免面源污染直接入河。
　　（三）
　　陜西作為南水北調中線最大的供水區，無疑肩負著重大的歷史使命。為呼吁國家盡快建立供水區生態補償機制，保障水源安全及當地區域經濟社會的和諧發展，從2006年起，陜西就開始組織西安若干重點大學及水源區31個縣（區）水利水保部門的近百名專家教授及科技人員聯合攻關，對南水北調中線陜西供水區的水資源、水土流失、環境容量等開展了深入細致和全面的研究，在“探索確定”生態補償的主體、內容、方法、途徑、標準等方面取得了突破。其成果在2011年被陜西省人民政府授予省科學技術二等獎。
　　在2008、2009年的兩會期間，陜西省水源區生態補償的研究成果被全國人大、全國政協、省人大廣泛采納，形成多項提案，引起國務院多部門的高度重視，有力推進了全國生態補償的進程。2009年8月，全國政協根據陜西的研究成果，向中共中央辦公廳和國務院報送了“關于我國水土保持補償機制建設的建議報告”，水利部做出了重要批示，并確定將水土保持生態補償內容納入新的《水土保持法》。
　　曾參與陜西供水區生態補償機制研究的西安理工大學教授李懷恩認為：盡管南水北調中線供水區的生態補償得到了國家各個層面的高度關切和重視，但其實質性的“進展”并不理想。據數年來研究的結果表明，南水北調中線陜西供水區在保證全流域二類水質的情況下，供水區水土流失及面源污染防治平均成本41.4億元/年，點源污染防治平均成本28.17億元/年，農林機會損失成本21.29億元/年，工業機會損失成本在30億元/年以上。而當前國家所給予的各種補償仍是“極有限”的，僅能滿足需求量的10%左右。在南水北調中線工程即將通水之際，建立生態補償機制迫在眉睫。